根據學生領袖張國燾的回憶，學生隊伍準備向天安門出發時，蔡元培校長曾出來勸阻。

他還談到，一位叫易克嶷的同學當場向蔡校長痛陳學生的內心積憤，懇求校長不要阻攔大家。其他的多數同學頗感不耐煩，發出了“噓！噓”的吵嚷和怒罵聲。

看看時間已到，張國燾忙擠向前去，高聲向校長說“示威游行勢在必行，校長事先本不知道，現在不必再管了，請校長回辦公室去吧。”

于是他和其他幾位同學連請帶推地將蔡校長擁走。

這和其他人的回憶有些不符。

據羅家倫在《蔡元培時代的北京大學與五四運動》一文中回憶，“五月三日那一天，清華大學舉行紀念典禮，許多北大的人，都到清華去參觀，那天我也去了。直到晚上八九點鐘才回來，不料三號那一天，邵飄萍到北大來報告，說是山東問題已經失敗，在校的一班同學，于是在北河沿法科第三院召集臨時會議，最初由邵飄萍報告，以后由許德珩等一班人慷慨激昂的演說，還有一個劉仁靜，當時還不過十八歲，帶了一把小刀，要在大會場上自殺。還有一位，要斷指寫血書的，于是當場主持的幾個人，不能維持我們以前決定的五七發難的成議，當場議決在第二天（即五月四日）聯合各學校發動，并且當場在北大學生中推出二十個委員負責召集，我也是其中一個，由他們各學校聯絡進行。”

關于蔡元培，羅家倫給出的評價是“這一次蔡孑民先生確是有一種特別的表現，就是五四事情出來以后，他不和前次一樣的辭職，反而聯合各大學的校長，負責的要求北京政府釋放被捕的學生。”

羅家倫所說的“前次”，指的是1918年5月21日，北京大學、高等師范、工業、法政四校的學生，以及回到國內的留日學生4000多人，赴新華門向代理大總統馮國璋請愿，要求政府廢除中日兩國的《防敵軍事協定》。蔡元培聞訊后一大早來到學校加以勸阻，勸阻無效后向當時的大總統馮國璋提出辭呈，經多方挽留才答應留任。

許德珩在《五四運動在北京》一文中，的說法大致相同“北大校長蔡元培先生是負行政責任的人，他同情學生，而又不愿意鬧得過火，……”

而根據蔡元培自己的說法，他應該也沒有阻攔學生上街。

蔡元培晚年在回顧五四運動的歷史時，總結自己對學生運動的看法“五四運動發生的時候，我對于學生運動素有一種成見，以為學生在學校里面，應以求學為最大目的，不應有何等政治組織。其有年在二十歲以上，對于政治有特殊興趣者，可以個人資格，參加政治團體，不必牽涉學校。”他從1918年夏北京學生運動談到1919年五四運動的過程，“民國七年夏間，北京各校學生曾為外交問題，結隊游行，向總統府請愿；當北大學生出發時，我曾力阻他們，而他們一定要參與，我因此引咎辭職，經慰留而罷。到八年五月四日，學生又有不簽字于巴黎和約與罷免親日派曹、陸、章的主張，仍以結隊游行為表示，我也就不去阻止他們了”。

張國濤說得那么具體，好像不應該有錯，當然，回憶還是有可能有誤的，比如把五月四日那次記成“羅家倫所說的“前次”。

但是，肯定地說，蔡元培打心底對這次活動是支持的。就算張國濤說的是真的，也不過是做做姿態而已，他畢竟是體制中人，畢竟是一校之長。

3日晚上北大學生召開大會時，蔡元培在校，他對大會的決定應該知情。

大會結束后，蔡元培“即召學生會干事狄福鼎等，囑其轉告同學，途中須嚴守秩序”。 當時他“向狄表示，他對學生們很同情”。

5月4日上午11時左右，就在北大學生即將出發之際，教育部派員隨同幾個軍警官員到場，意欲勸阻學生的行動。如果蔡元培出來做做樣子，做為校長