。他曾電請北大溫宗禹教授繼續代行校長職務，但遭到北大師生的拒絕。這樣一來，正在江蘇教育會任干事長并主編《新教育》雜志的蔣夢麟，便以蔡校長私人代表身份進入北大代理校政。

此后，盡管安福系的政客們曾借機嘗試由蔣智由取代蔡元培，但立馬遭致北大師生堅決抵制而未能得逞。

經歷了此番學潮，學生還能安下心讀書嗎？蔡元培的一些朋友也為他耽著這份心，說學生們此后一定會“遇事生風，不復用功了”。

對此，蔡元培有著同樣的擔心，或許，他比他的朋友們要樂觀一些，但也認為必須要“善加引導”。

他于返京之前與學生代表談話或公開致書全國的學生，都表達了這樣的觀點此次運動，學生喚醒國民，作用重大，“然犧牲學業，代價不輕”，青年救國，不可單憑熱情，主要應靠學識才力，學生主要的責任還是“力學報國”。

由此，他提出了一個著名的口號“讀書不忘救國，救國不忘讀書。”

他十分贊賞北京學界提出的關于恢復“五四”以前教育現狀的主張，其中顯然含有重建學校秩序，繼續全力進行學術文化建設的用意。

蔡元培在家鄉小休之后，于9月中旬抵京，其時恰逢北大新學年開學。

雖說過了一個暑假，學生的激情差不多可以平靜下來了，但五四運動卻不一樣，對于這樣一場規模宏大、席卷全國的運動，學生是以完勝者的姿態回到校園的，運動的余熱尚未消退，趾高氣揚的心態也在所難免。如何讓學生收心，把學生的心思收到學問上來，這是蔡元培返校后首先要考慮的問題。

在9月20日的開學典禮上，蔡元培高度贊揚學生的“愛國熱誠”，贊揚學生在運動中表現出來的“自治的能力”和“自動的精神”，但他的重點則在強調“大學是研究學理的機關”，并圍繞這個重點大談“研究的興趣”“純碎學理的文理科”“服務社會的習慣”等問題。這番話在平日或許是老生常談，但在斯時斯地，卻有一層特別的含義，有鮮明的針對性。