五四運(yùn)動(dòng)對(duì)蔡元培本人的影響也很大，運(yùn)動(dòng)前后他在觀念和言行的許多方面也有不小的變化。如果說，五四之前的蔡元培是以“囊括大典網(wǎng)羅眾家”為口號(hào)，表面上對(duì)新舊不偏不倚而實(shí)則維新的話，那么五四之后的蔡元培則非常旗幟鮮明地站在新的一方，并與舊勢(shì)力攤牌了。

如1919年3月，蔡元培在答林紓對(duì)北大“盡廢古文，專用白話”的詰難時(shí)，費(fèi)了很多篇幅，舉了許多實(shí)例，詳證北大并沒有“盡廢”和“專用”。也就是說，對(duì)古文和白話的優(yōu)劣卻并未表示態(tài)度。而到了運(yùn)動(dòng)之后的11月，他在公開演講中則歷數(shù)白話文的種種好處，并斷言白話文將來“一定占優(yōu)勝”。

他于1920年4月1日發(fā)表《洪水與猛獸》一文。

“我以為用洪水來比新思潮，很有幾分相像。他的來勢(shì)很勇猛，把舊日的習(xí)慣沖破了，總有一部的人感受痛苦；仿佛水源太旺，舊有的河槽，不能容受他，就泛濫岸上，把田廬都掃蕩了。對(duì)付洪水，要是如鯀的用湮法，便愈湮愈決，不可收拾。所以禹改用導(dǎo)法，這些水歸了江河，不但無害，反有灌溉之利了。對(duì)付新思潮，也要舍湮法，用導(dǎo)法，讓他自由發(fā)展，定是有利無害的。”

至于猛獸，恰好如軍閥，“孟氏引公明似的話‘庵有肥肉，廄有肥馬，民有饑色，野有餓莩，此率獸而食人也。’現(xiàn)在軍閥的要人，都有幾百萬、幾千萬的家產(chǎn)，奢侈的了不得，別種好好作工的人，窮的餓死，這不是率獸食人的樣子么?現(xiàn)在天津、北京的軍人，受了要人的指使，亂打愛國的青年，豈不明明是猛獸的派頭么……

“所以中國現(xiàn)在的狀況，可算是洪水與猛獸競(jìng)爭。要是有人能把猛獸馴伏了，來幫同疏導(dǎo)洪水，那中國就立刻太平了。”

把“洪水”比作新思潮，把“猛獸”比作軍閥政客，“對(duì)付新思潮，也要舍湮法，用導(dǎo)法，讓他自由發(fā)展，定是有利無害的”。如此鮮明的言論，他在五四之前也是不多見的。

五四運(yùn)動(dòng)也鼓舞了蔡元培。他在五四之后，非但沒有停下對(duì)北大改革的步伐，而是借助五四運(yùn)動(dòng)的東風(fēng)，或者深化已有的改革，或者發(fā)起新的改革，使得五四運(yùn)動(dòng)的成果在北大的改革中得以延續(xù)。

其中一個(gè)重要的舉措是繼續(xù)完善“教授治校”制度。

鑒于運(yùn)動(dòng)期間因其辭職而引起的動(dòng)蕩，蔡元培切身感受到將全部校務(wù)系于校長一人的危害，他復(fù)職后多次強(qiáng)調(diào)“無論何人來任校長，都不能任意辦事。”

返校伊始，他便提出要完善校內(nèi)管理體制，使之不能因那一個(gè)校長的去留而影響學(xué)校的正常運(yùn)轉(zhuǎn)。當(dāng)年11月，他主持制定《國立北京大學(xué)內(nèi)部組織試行章程》，提高教授在學(xué)校管理中的權(quán)重，進(jìn)一步突出“教授治校”。提出組織行政會(huì)議和各專門委員會(huì)，負(fù)責(zé)日常校務(wù)。

進(jìn)校不久的蔣夢(mèng)麟受命通盤規(guī)劃，具體實(shí)施。這位美國哥倫比亞大學(xué)畢業(yè)的教育學(xué)博士負(fù)責(zé)組設(shè)總務(wù)、教務(wù)兩個(gè)職能部門，并聘請(qǐng)各系教授充任財(cái)政等專門委員會(huì)，使北大的“教授治校”越發(fā)完善。

此后，蔣夢(mèng)麟作為學(xué)校的總務(wù)長，成為蔡元培在北大最為倚重的助手，每次他離校，都是蔣主持校政。

1923年6月，蔡元培曾向北京國立八校教職員聯(lián)席會(huì)提議由八校教授會(huì)公推一個(gè)董事會(huì)，“負(fù)經(jīng)營八校之全責(zé)”，而各校校長則“先由各本校教授會(huì)公推，再由董事聘請(qǐng)，不復(fù)受政府任命，以保獨(dú)立之尊嚴(yán)，而免受政治之影響”。這個(gè)提議的核心，是由公推的董事會(huì)代替政府來行使管理大學(xué)之“全責(zé)”。用心不可謂不良苦，但由于歷史條件的限制，他的這個(gè)提議胎死腹中。

其二是繼續(xù)加強(qiáng)學(xué)生自治。蔡元培充分贊揚(yáng)學(xué)生在運(yùn)動(dòng)中表現(xiàn)出來的“自治能力”、“自動(dòng)精神”及其“自信”，因此在五四之后，他愈加注重學(xué)生的自治。11月他支持學(xué)生會(huì)通過了《