尤不忍于此種教育當局之下，支持教育殘局，以招國人與天良之譴責。惟有奉身而退，以謝教育界及國人。”

從這封辭職書中，不難看出，蔡元培已經憤怒到了極點。

有人說，“這可能是近代中國最直率，最能體現知識分子氣節的辭職書。”

兩天以后，他在多報刊出不再到校視事的啟事，隨即離開北京。緊接著，就發表了那篇著名的《不合作宣言》。

此宣言刊發在1月25日的《申報》上，其中說到“止見他們一天一天的墮落議員的投票，看津貼有無；閣員的位置，稟軍閥意旨；法律是舞文的工具；選舉是金錢的決賽；不計是非，止計利害；不要人格，止要權利。這種惡濁的空氣，一天一天的濃厚起來，我實在不能再受了……國務員匆匆的提出再議的請求，又立刻再剝奪未曾證明有罪的人的自由，重行逮捕。而提出者又并非司法當局，而為我的職務上天天有關系的教育當局，我不管他們打官話打得怎么圓滑，我總覺得提出者的人格，是我不能再與為伍的。”

一位哲人說過“沒有正義的地方沒有自由，沒有自由的地方也就沒有正義。”

蔡元培兩次最著名的辭職，誕生了兩篇杰出的宣言《不合作宣言》和《不愿再任北京大學校長的宣言》。

他1919年6月15日發布的《不愿再任北京大學校長的宣言》中說“我絕對不能再作不自由的大學校長思想自由，是世界大學的通例。德意志帝政時代，是世界著名專制的國家，他的大學何等自由，美、法等國，更不必說了。北京大學，向來受舊思想的拘束，是很不自由的。我進去了，想稍稍開點風氣，請了幾個比較的有點新思想的人，提倡點新的學理，發布點新的印刷品，用世界的新思想來比較，用我的理想來批評，還算是半新的。在新的一方面偶有點兒沾沾自喜的，我還覺得好笑。那知道舊的一方面，看了這點半新的，就算‘洪水猛獸’一樣了。又不能用正當的辯論法來辯論，鬼鬼祟祟，想借著強權來干涉。于是教育部來干涉了，國務院來干涉了，甚而什么參議院也來干涉了，世界有這種不自由的大學么？還要我去充這種大學的校長么？”

有人評論說“透過蔡元培的辭職和宣言，我們清晰地看到，蔡元培是中國近現代史上一位真正具有思想精神大格局的人。有了這種精神大格局，相比之下，中國最頂尖的北京大學校長的位置也顯得那么小，而一個公民的人身權利則是那么大。只有具有思想精神大格局的人，才是大思想家、大教育家、大實踐家，才是具有寬闊視野、博大胸懷和博大人格的大寫的人；只有這樣的人，才有深刻的使命感、危重的責任感，才有人格大魅力，才有人間大眼界，才有人生大憤怒，才有人世大救續。

“人生之大憤怒，是與“小憤怒”有巨大區別的，它不是為自己的憤怒而“憤怒”，它也并不需要聲嘶力竭，而是一種清醒的思考、一種透徹的說理、一種沉郁的情感，更重要的是，它是一種身體力行、無所畏懼、義無返顧的自身行動。而對于那些沒有精神大格局、稀缺人生大憤怒的人來說，是不會有這種大救續的行動的，而是安穩、安舒、安耽地靠坐在金貴的寶椅上安享著安樂的。

“沒有個人的自由，就沒有公眾的自由；沒有個人的利益，就沒有公共的利益；沒有個人的權利，就沒有大眾的權利；沒有個人的公正，就沒有社會的公正；沒有個人的平安，就沒有國家的平安。為一個人爭公民權利而辭去北大校長之職，正是蔡元培的偉大之舉，是他偉大人格的體現。這就是用人格創造人格、用人格創造公正、用人格創造權利、用人格創造自由。”

蔡元培的這次辭職社會反響很大，輿論強烈，彭允彝也因此下臺。總統黎元洪出面挽留蔡元培，他辭職不成，但不再到校，由蔣夢麟代理。有意思的是，北洋政府始終沒有免他的