那個(gè)時(shí)候，國民黨內(nèi)部思想也很亂，派系對(duì)立嚴(yán)重，所謂革命形勢(shì)越是一派大好，這樣的情況也就越發(fā)糟糕。就連在黨內(nèi)位高權(quán)重的蔣介石，其處境也很微妙、很尷尬。

國民黨內(nèi)部的右派如“西山會(huì)議派”，這時(shí)認(rèn)為蔣介石是赤色分子、共產(chǎn)黨的同路人。而國民黨的左派中又有一種聲音，認(rèn)為蔣介石是“新軍閥”。時(shí)任代理海軍局局長的共產(chǎn)黨人李之龍?jiān)_提出，蔣介石要在3個(gè)月之內(nèi)把廣東所有的工廠收歸國有，否則就要以“叛變革命”的名義查辦他。來自蘇俄的軍事顧問，很多的時(shí)候也不把蔣介石看在眼里，讓蔣心里很不舒服。

西山會(huì)議派，是中國國民黨內(nèi)的右派派別之一，也是國民黨內(nèi)最堅(jiān)定的反共勢(shì)力。

孫中山逝世后，國民黨右派公開進(jìn)行反對(duì)孫中山聯(lián)俄、聯(lián)共、扶助農(nóng)工的三大政策的活動(dòng)。

1925年11月23日，國民黨中央執(zhí)行委員中的右派分子，林森、鄒魯、居正、葉楚傖、覃振、石青陽、石瑛，中央監(jiān)察委員張繼、謝持等在北京西山碧云寺非法召開所謂“國民黨一屆四中全會(huì)”，通過了反蘇、反共、反對(duì)國共合作的《取消共產(chǎn)派在本黨黨籍宣言》、《總理逝世后關(guān)于反對(duì)共產(chǎn)派被開除者應(yīng)分別恢復(fù)黨籍案》等一系列倒行逆施文件，由此“西山會(huì)議派”產(chǎn)生。

1926年3月17日，蔣介石在日記里寫道“近來所受苦痛，至不能說，不忍說，且非夢(mèng)想所能及者。政治生活至此，是何異佛入地獄耶。”

可以說在那個(gè)時(shí)候，他便開始謀劃把共產(chǎn)黨人清除出國民黨了。

這一時(shí)期，新生的黨人在指導(dǎo)思想和做法上也出現(xiàn)了一些不成熟的極左傾向。當(dāng)時(shí)的“湖南農(nóng)民運(yùn)動(dòng)”中，農(nóng)協(xié)的刊物如《湖南民報(bào)》甚至提出了“有土皆豪，無紳不劣”的口號(hào)，不加區(qū)別的鎮(zhèn)壓當(dāng)?shù)氐牡刂鳌⒑兰潱瑳]收其財(cái)產(chǎn)。結(jié)果，有很多國民黨人和國民革命軍軍人的家屬被列為“土豪劣紳”，成了揪斗的對(duì)象。這在國民黨看來，簡直是抓反革命抓到自己人頭上，讓國民黨內(nèi)包括中間派的很多人心生反感。

1927年3月10日，國民黨二屆三中全會(huì)在武漢漢口召開。這次會(huì)議上，選出了左派人士和中共黨員占絕對(duì)優(yōu)勢(shì)地位的中央委員會(huì)，會(huì)議并以“提高黨權(quán)”的名義，免去了蔣介石的中央主席、軍委主席，只保留其國民革命軍總司令的職務(wù)。

于是，矛盾更加激化，也更加公開化。

在蔡元培等一部分國民黨元老眼中，這樣一來，國民黨幾乎快要被左派和共產(chǎn)黨人架空，國民黨和國民黨人的革命事業(yè)到了生死存亡的關(guān)鍵時(shí)刻，非要出手挽救危局不可了。不管怎么說，反正這時(shí)候的蔡元培，是旗幟鮮明地和國民黨內(nèi)積極反共的人走到了一起。

4月2日，國民黨中央監(jiān)察委員會(huì)全體會(huì)議上，在吳稚暉提交查辦共產(chǎn)黨的呈文之后，蔡元培亦向大家出示了名為《共產(chǎn)黨禍黨證據(jù)及共產(chǎn)黨在浙禍黨之報(bào)告》的兩份材料，一份是中共自二大以來“陰謀破壞國民黨”的種種決議和通告，另一份則是中共在浙江“阻止入黨”“煽惑民眾”“擾亂后方”“搗毀米鋪”“壓迫工人”等若干條罪狀。

會(huì)上經(jīng)蔡元培同意，還審定了列有毛澤東、周恩來、陳獨(dú)秀等中共領(lǐng)袖及柳亞子、徐謙、鄧演達(dá)等國民黨左派人士的黑名單，共計(jì)179人，提請(qǐng)委員會(huì)立即采取緊急措施，將這些“首要危險(xiǎn)分子”，“就地知照治安機(jī)關(guān)，分別看管，制止活動(dòng)”。

此后，在蔡元培的主持下，這些監(jiān)察委員又開了4次“清黨”密會(huì)。

可以說，在國民黨內(nèi)的派系爭斗中，這時(shí)候的蔡元培是堅(jiān)定地站在了蔣介石一邊。

蔡元培又在4月9日同吳稚暉、張靜江、李石曾等人一起發(fā)出3000余字的“護(hù)黨救國”聯(lián)名通電，痛斥聯(lián)共政策的種種荒謬，嚴(yán)詞指責(zé)工農(nóng)運(yùn)動(dòng)，指斥武漢