汪精衛(wèi)等為首的國(guó)民政府與共產(chǎn)黨合作，有“亡黨之責(zé)”，“大有背于本黨治國(guó)之精神，極端毀滅本黨組織之根本旨趣，減少群眾對(duì)于本黨之堅(jiān)固信仰”。

蔡元培在通電中呼吁全體國(guó)民黨黨員，要“念黨之危機(jī)，懔喪亡之無日，披發(fā)纓冠，共圖匡濟(jì)，扶危定傾，端視此舉”，從而為蔣介石發(fā)動(dòng)政變做了輿論上的準(zhǔn)備。

到了這一年的10月18日，蔡元培在國(guó)民黨中央黨務(wù)學(xué)校發(fā)表演講，還在向青年學(xué)生灌輸他的這一思想

“本黨在共產(chǎn)黨搗亂的時(shí)候，下級(jí)黨部和農(nóng)工組織為他們所把持，不許本黨黨員插足。他們這種方法是很厲害的，是想把本黨的基礎(chǔ)搶了去。他們所做的工作，就是要消滅本黨的工作。共產(chǎn)黨的農(nóng)人工人運(yùn)動(dòng)，是欺騙農(nóng)工的運(yùn)動(dòng)，不能夠替農(nóng)工謀實(shí)在的利益。”

1927年4月15日凌晨，國(guó)民黨廣東當(dāng)局下令軍警和其他武裝開始在廣州進(jìn)行“清黨”大搜捕。蕭楚女、劉爾崧、熊雄、鄧培、李森、何耀全、張瑞成、李亦愚、畢磊、譚其鏡、楊其綱、麻植、熊銳、鄒師貞等100多位著名共產(chǎn)黨人英勇犧牲。

僅在蔣介石的老家浙江，至1927年7月15日，杭州、寧波兩地被捕的共產(chǎn)黨人、革命群眾及國(guó)民黨左派就有400余人，其中117人被“清黨委員會(huì)”殘殺。至這年底，全浙江有1805人被捕，其中932人被殺。在另一些省份，更是有過之無不及。在農(nóng)民運(yùn)動(dòng)中遭到打擊的豪紳們這時(shí)也紛紛反戈一擊，在地方上積極捕殺共產(chǎn)黨人、農(nóng)運(yùn)首領(lǐng)。

清黨運(yùn)動(dòng)迅速朝著蔡元培始料不及的方式和規(guī)模發(fā)展。

清黨之初，浙江清黨委員會(huì)槍殺二十余名共產(chǎn)黨人和革命群眾。

蔡元培知道這件事后，很是痛心疾首，他提出了嚴(yán)厲批評(píng)“我們不能隨便殺人！昨天那樣辦，太荒唐！太草率！太不好了！此后必須謹(jǐn)慎注意。”

作為清黨的最初力推者，他提出清黨務(wù)必執(zhí)行的三原則抓人必須調(diào)查清楚；定罪必須證據(jù)確實(shí)才可判決；殺人必須其人罪大惡極，提交清黨委會(huì)員討論決定后才可執(zhí)行。

為勸阻濫殺，蔡元培在1928年前后寫下《追懷不嗜殺人的總理》一文。

言道“總理致力革命四十年，不但政敵甚多，就是始信而終叛的人也不少；然而總理最反對(duì)暗殺，一切均以堂堂正正之革命軍行之。軍行時(shí)自然不能沒有死傷的人，然這是不得已而殺人，不是嗜殺。以湯薌銘的反復(fù)，并不念他的舊惡；以陳炯明的叛變，還許他們悔過效力；其他類似的人，從沒有宣布過死刑。總理的不嗜殺人，可以公認(rèn)了。”

但是，政治斗爭(zhēng)的殘酷，遠(yuǎn)非蔡元培所能預(yù)見和主導(dǎo)。這時(shí)的蔣介石等這些國(guó)民黨內(nèi)蔡元培的“老同志”，早把總理的風(fēng)格拋到了腦后，在權(quán)力爭(zhēng)奪、殘酷打擊異己的道路上愈行愈遠(yuǎn)，蔡元培的規(guī)勸早已被這些人當(dāng)成了耳邊風(fēng)。

在清黨期間，蔡元培曾親自出面營(yíng)救了諸多可能遭捕殺的共產(chǎn)黨人和革命青年，如幫助被列入清黨黑名單的朱宜權(quán)等出走，保釋被捕入獄的進(jìn)步青年史良、鄭觀松。

1928年1月，蔡元培曾親自致電武昌衛(wèi)戍司令胡宗鐸，要求他釋放被捕的教育界人士。

言道“聞漢口第二中學(xué)學(xué)生頗有附和共產(chǎn)黨者，因而連及徐校長(zhǎng)昌期亦被監(jiān)禁。但徐君實(shí)無共黨嫌疑，如蒙早日開釋，無任感荷。”

現(xiàn)在，力主清黨的人卻一再為被清的對(duì)象說情、保護(hù)、援助。

其實(shí)，蔡元培和中共的很多領(lǐng)袖之間不僅沒有絲毫恩怨，而且私交還不錯(cuò)。陳獨(dú)秀、李大釗這兩位中國(guó)共產(chǎn)黨的創(chuàng)始人，正是他任北大校長(zhǎng)期間親自聘請(qǐng)的優(yōu)秀人才。

就在清黨開始之時(shí)，李大釗被奉系軍閥張作霖處死，蔡元培帶頭募捐，幫烈士的長(zhǎng)子李葆華去日本留學(xué)。

他和陳獨(dú)秀的關(guān)系，