更不用說了。兩人以前就在一起共謀反清、制造炸彈。陳獨秀后來兩次被捕，蔡元培都出手相救。

以至于當蔡元培去世以后，陳獨秀十分悲傷，在給友人的信中說“弟前在金陵獄中，多承蔡先生照拂，公乃先我而死，弟之心情上無數傷痕中又增一傷痕矣!”

做為學者和政客，蔡元培與蔣介石畢竟有著本質的不同。

蔡元培的訴求是民主和法治，而蔣介石的目標則是權力。蔡元培雖然堅定地力主清黨，但他主張用溫和、法治的手段完成這項使命，蔣介石等人則毫不心慈手軟，掀起了一場極為殘酷的腥風血雨。

魯迅后來說，“其實像蔡先生，也還只是一般地贊成進步，并不反對共產黨而已。到底共產黨革命是怎么一回事，他就不甚了然。他甚至于悲嘆地說，國民黨為了想消滅政治上的敵對者，連民族的存亡都可以不顧，這是他所始料不及的。可知他同情革命者，也不過為了民族而已”。