在談到蔡元培與蔣介石集團(tuán)的關(guān)系時(shí)，有人把1928年8月17日蔡元培辭職一事，描述為關(guān)鍵性“轉(zhuǎn)折”說蔡元培從此出都門而定居滬上，極少來南京，進(jìn)而與最高當(dāng)局決裂，成為“反蔣派”代表人物云云。

其實(shí)，實(shí)際情況要復(fù)雜的多。

就在蔡元培宣布辭職的同一天，由他提名為清華大學(xué)校長的羅家倫獲得國民政府的正式任命。這應(yīng)該不是巧合。

關(guān)于蔡的辭職，上海各報(bào)紛紛揣測原因，《時(shí)事新報(bào)》稱“據(jù)知其底細(xì)者言，蔡氏辭職實(shí)有二因一系職務(wù)紛繁，勞苦太甚；一系趁五次會(huì)后，政府改組將有變更，可以及時(shí)引退。至有謂蔡因反對大學(xué)區(qū)制而辭職者，并非事實(shí)。”

此一報(bào)道，顯然意在平息和淡化外間對此事的關(guān)注。

約半個(gè)月后，蔣介石在上海西摩路宋宅宴請留滬各中央委員，蔡元培與胡漢民、戴季陶、李石曾、李宗仁、宋子文等八人出席。席間議及中央政治會(huì)議改組、五院院長人選等事項(xiàng)。就是在此前后，蔡元培被內(nèi)定為五院之一的監(jiān)察院院長。

9月11日，蔡元培致函胡漢民、蔣介石、譚延闓，申明“監(jiān)察院院長決不擔(dān)任，大學(xué)院院長決不復(fù)職”，同時(shí)又鄭重表示“此后愿以中央監(jiān)察委員資格盡力于黨務(wù)，以政治會(huì)議委員之資格盡力于政務(wù)（弟曾辭政治會(huì)議委員，然近經(jīng)譚先生及孔庸之先生轉(zhuǎn)示會(huì)中同人意見，弟遵，當(dāng)取消辭意），以中央研究院院長之資格盡力于教育學(xué)術(shù)。余生幾何，能力有限！果能如此盡力，自問以告無罪。若再苛求，必多貽誤。自知甚明，決難遷就。瀝誠奉懇，務(wù)請玉成。”

關(guān)于大學(xué)院院長，是南京國民政府那個(gè)時(shí)期的教育行政首長。1927年7月南京國民政府公布《中華民國大學(xué)院組織法》，規(guī)定中國民國大學(xué)院為全國最高學(xué)術(shù)教育機(jī)關(guān)，承國民政府之命管理全國學(xué)術(shù)及教育行政事宜，不隸屬于國民政府；設(shè)大學(xué)院院長一人，綜理全院事務(wù)，兼任大學(xué)院大學(xué)委員會(huì)委員長，并為國民政府委員。

首任大學(xué)院院長即是蔡元培。

對于蔡元培請辭大學(xué)院長，國民黨高層曾指派宋子文、孔祥熙等“躬親赴滬，懇切挽留”。蔡仍堅(jiān)辭，并“薦賢自代”，起初傳聞蔡推薦的人選是易培基（屬李石曾的中法系），而后來接替蔡氏職務(wù)的則是蔣夢麟。至于監(jiān)察院長一職，蔡推卻不過，只得應(yīng)允暫居名義，具體院務(wù)由副院長陳果夫署理，此種狀況延續(xù)近一年之久方告結(jié)束。

9月下旬，蔡元培與李石曾等同車由滬到寧，同寓張靜江宅邸，蔡曾往“總司令部看蔣先生，其時(shí)胡展堂等亦在座”。其后，蔡元培由寧返滬，以私人資格力勸同樣提出“辭去本兼各職”的于佑任“勿即辭職”。此后，蔡元培來往于滬寧之間，從事政務(wù)，其行蹤載于當(dāng)時(shí)“京滬各報(bào)報(bào)端”。

1929年間，蔡元培的國務(wù)活動(dòng)也頗為頻繁，他與蔣介石等高層人士的相互往來也時(shí)有所見。大體說來，至1930年以后，蔡到南京的次數(shù)才逐漸減少。其實(shí)，上海一直是除南京之外的一個(gè)極重要的政治舞臺(tái)，一些“黨國大老”聚居于此，國民黨及國民政府的一些幕后活動(dòng)常常在此醞釀生成，蔡元培作為國民黨政治集團(tuán)中的資深要員參與其間，其在寧在滬，好像很難成為判斷其政治姿態(tài)的標(biāo)識(shí)。

在蔡元培的“從政高峰”期間，他的一個(gè)重要使命，便是平息學(xué)潮、彌合黨內(nèi)派系紛爭。由于他在政界、學(xué)界的崇高威望，幾乎總是充當(dāng)“救火者”或“和事佬”的角色。

北京大學(xué)師生為反對北平大學(xué)區(qū)發(fā)生風(fēng)潮，蔡責(zé)無旁貸地出面平息，并一度兼任北大校長，使北大安然渡過“多事之秋”。

交通大學(xué)出現(xiàn)校長危機(jī)，蔡亦暫時(shí)兼領(lǐng)，以求平穩(wěn)過渡。

國民政府的“首都大學(xué)”中央大學(xué)連續(xù)發(fā)生學(xué)潮，拒絕和毆傷校長，政府強(qiáng)令解散該大學(xué)。