其后成立“中央大學整理委員會”，蔡再次救急，出任該委員會的委員長，親到南京，與學校師生代表溝通。

而對于國民黨內層出不窮的派系之爭，蔡以元老身份盡力排解，力求化干戈為玉帛，維系政治統一，此種努力在“九一八”事變后國難深重關頭，尤具特別意義。

不過，蔡元培也曾經歷過風險。這一年12月15日，北平各校南下示威學生與南京本地學生數百人在中央黨部門前示威請愿，一時間群情激奮。蔡元培與陳銘樞被委派出來接見學生，蔡未及數語，即被學生拖下毆打，陳則被學生用木棍猛擊頭部，當場昏厥。

據報載“蔡年事已高，右臂為學生所強執，推行半里，頭部亦受擊頗重”，后被解救送往醫院，所幸無大礙。這就是后來被有些新聞記者所渲染的“蔡元培遭綁架”事件。蔡元培事后對新聞界發表談話說，他理解學生憂患國難的情緒，但對“學風淪替”也深感憂慮。

可是，從事黨政活動的“超然”姿態，并不意味著內心深處全無評判，更不等于對現存秩序的麻木遷就。蔡元培本來即是一個是非心極強的知識分子，置身政治舞臺，對于自己周圍的“黨內同志”也自有一番觀察和評判，只不過此種“自由議論”不輕易向外界道及而已。

1931年“九一八”事變，東北大片國土淪喪，不久，“一?二八”事變爆發，日本侵略軍在上海狂轟濫炸，形勢危急。此刻，蔡元培憂心如焚，郁積胸中的不滿終于在1932年2月初中央研究院的一次活動中傾泄出來。

他在一次在作時局報告時，先說明他前次留在南京維持危局的苦衷，后來又表示對國民黨前途的悲觀。他第一個指斥的是宋子文，他說當美國勸阻日軍進占錦州時，日軍暫按兵不動，那時宋子文便邀拉西曼氏縱酒狂歡，慶祝勝利，誰知不久，日軍便進占錦州了。這些地方便表現出宋子文是怎樣的幼稚。“宋少不更事，固不足論。最可怪的要算所謂黨國的領袖第一，胡展堂那位先生，在和會（即寧粵和談）以前滿口承諾合作，對于既往概不追究，而在和會時，他便首先作梗；在和會以后，他又負氣不到南京，自己在廣州組織起三個委員會來”。

講到蔣介石，蔡元培言道“他的專橫獨裁，實為古今中外罕有，只要看他的政府，一切措施無不出自私心，財政部長辭職時，他可以將一切事務官完全引跑了，他們的薪水非但分文不欠，并且他們臨走的時候，還每人發干薪兩月，而其他各部人員的薪水都欠幾個月，教育（部）竟積欠幾百萬。蔣臨走的時候，還請了三位軍人做省政府主席，他的合作精神及和平誠意，已可見一般。”

在報告中，蔡憂心重重，深感“時局艱難，政治尤一無辦法”，言下不勝唏噓。

這一通牢騷和議論，可謂如梗在喉，不吐不快，其中涉及的對日外交內幕、寧粵和談經過、蔣氏二次下野前的部署等細節，非局內之人難以道及。

蔡元培以黨國元老和國民黨中央監察委員的身份，在一系列事件中，處處與國民黨的政治舉措唱對臺戲，讓南京國民黨當局一部分主政者極為惱火，遂對蔡元培發出警告以至于恐嚇和威脅。

1932年11月，國民黨南京市黨部對蔡元培、楊杏佛營救陳獨秀的做法提出書面警告，指其“為清議所不值”“徇于私情，曲加保護，為反動張目”。又于次年2月10日要求解散民權保障同盟，并對蔡元培、宋慶齡提出警告，指責“蔡元培、宋慶齡等擅組民權保障同盟，發表宣言，保障反革命及共黨要犯，實破壞本黨威信，逾越中委職權”。

1933年6月18日，民權保障同盟總干事、中國人權運動先驅楊杏佛帶著兒子駕車外出，至上海亞爾培路時，設伏的“藍衣社”幾名特務突然從路邊沖出，將楊杏佛亂槍殺害。

蔡元培聞訊后即驅車前往現場查看，