隨后到醫院瞻仰楊杏佛遺體，集結同仁商討善后事宜。同日，他以中研院長的身份致電汪精衛、林森，要求立即“飭屬緝兇，以維法紀”。

參加楊杏佛公祭的魯迅說“今天蔡先生是去的，他很悲哀。……打死楊杏佛，原是對于孫夫人和蔡先生的警告，但他們兩人是堅決的。”

楊杏佛的事直接導致了民權保障同盟在無形中解散，但這沒有阻擋住蔡元培人權事業的腳步。

1933年10月，著名新聞人鄒韜奮主編的《生活周刊》因為宣揚民主、抗日而被國民黨當局查封，蔡元培連發兩電要求解禁。

1934年2月，共產黨員、國民黨的老同志何香凝之婿李少石被抓，蔡元培參與營救，與張靜江等設法將其保釋。

同年9月，著名史學家范文瀾在北平被國民黨憲兵逮捕，蔡元培即致信給汪精衛，促請其下令釋放。

1935年2月，共產黨的重要領導人瞿秋白被國民黨捕獲，蔡元培知道國民黨對付共產黨人的手段，他即在國民黨中央干部會議上力為辯護，他說像瞿秋白這樣的天才在中國不可多得，絕不能殺。

總之，抗戰全面爆發的前幾年，為保護進步人士，蔡元培不避兇險，付出了巨大的努力。