對于一個獨裁性質的政權，伴隨著權力的強化，往往是文化和意識形態的收緊。在一段時間里，蔡元培與蔣介石集團，除了民主與獨裁之爭，他的“教育獨立”的主張與蔣介石集團的“黨化教育”政策也越來越格格不入。

“黨化教育”，也被國民黨人稱之為“訓政”， 是指國民黨政權按照蔣介石“以黨治國”的主張提出的教育方針。

蔣介石集團的黨化教育，重點是中小學和中等師范學校，在全國范圍內，其時間上主要是1923至1954年，共31年。由于蔡元培等自由知識分子的頑強抵抗，抗戰爆發前國民黨的“黨化教育”在大學里則要寬松得多。

甲午戰爭后，嚴復提出了“公民教育”的概念。民國初，蔡元培擔任教育總長期間，政府編寫了中小學公民教材，此后，全國各地開展了轟轟烈烈的公民教育運動。

伴隨著封建的傳統道德理念和封建制度一起進入歷史，在新的歷史條件下重新規范人的行為，告訴人們，什么事能做，什么事不能做，什么事應該做，什么事不應做，也就是對民眾進行公民的權力和義務教育，這無疑是進入新的時代必須要做的事。

公民教育是獨立的，它并不需要對政府唯命是從、俯首帖耳，它所從事的是民智開啟和理性教化的事業，因此能夠幫助受教育者對宣傳保持較強的獨立思考和認知識別。

這種必須的公民教育和蔣介石集團的黨化教育是風馬牛不同的兩回事。

北洋軍閥時期，教育界具有一定的自主權。北洋政府對于學校管理基本上采取了“放任態度”，希望學生好好讀書，不要過多關心國家大事，以免造成社會動亂。可以說，這是蔡元培在北大提出“學術自由，兼容并包”的一個大的時代背景。

這一時期，稱得上是近代中國歷史上政治較為寬松的時期，從而也是社會思潮和學術思想最活躍、最開放的時期。

蔡元培曾感慨的回顧那一時期“那時候，思想和言論的自由，真是達到近乎極點。”

1924年，國民黨在廣東建立了自己的政權，便著手對整個社會進行控制，其中一項措施就是推行黨化教育。主要是通過組織手段，將學校變為黨的政治工具，通過調換校長將非國民黨人管理的學校改為國民黨可控制的學校，在所有國民黨控制地區的學校開設“三民主義”之類的課程，灌輸國民黨的政治主張。

1927年7月,國民政府在廣州舉行的中央教育行政大會通過決議，要求所有大、中、小學的教職員和學生全部加入國民黨；另一項決議規定縣視學或督學兼任縣黨部組織部官員，到各校建立區分部和宣傳黨的綱領。

1927年8月，國民政府教育行政委員會制訂了《學校實行黨化教育草案》，為全國推行黨化教育的開端。草案規定，先在浙江、江蘇推行。規定以國民黨訓練黨員的方法訓練學生,以國民黨的紀律為學校規約對學生灌輸“一個黨,一個主義,一個領袖”的法西斯主義,推行“忠孝仁愛信義和平”所謂“新道德”等。實質是要使學校教育國民黨化。

一些地方也聞風而動，如上海市成立“黨化教育委員會”；浙江省制訂《實施黨化教育大綱》，要求中學以訓練黨員的方法訓練學生，用黨的紀律規范學生的行為。

此種對文化教育的法西斯統治，一開始便遭到蔡元培等進步人士的抨擊。

1927年10月，光華大學校長胡適發起批判和抵制黨化教育。1928年3月，胡適、梁實秋、聞一多等人在上海創辦《新月》雜志，其《人權論集》直指國民黨的“訓政”。他們較早意識到了黨化教育的危害，要求恢復公民教育。

1928 年 5 月，在國民政府大學院召開的第一次全國教育會議上，在蔡元培的主導下，通過廢止“黨化教育”，實施“三民主義教