在教育獨立、學術自由的空間日益被壓縮的政治氛圍中，蔡元培依然盡最大的可能實現自己的教育理念。

蔡元培奉行的教育方針是科學化、勞動化、藝術化。

他常說：“腦力與勞動同時并進之好處，非獨養成身體發達之平均，而最大關鍵，乃在打破勞動階級與知識階級之界限。”又說：“人生由小而長，而老，而死，茍無藝術之調和，則一世生活，真無興趣之可言。……故藝術興味，確為教育上第一要義。”

推行美育，可以說是蔡元培一生的追求。

蔡元培歷來認為，美是有力量的，沒有美育的教育也是不完整的教育。他曾大聲疾呼：“美育是最重要、最基礎的人生觀教育。”

“當每一個公民都擁有發掘美好的眼睛與心靈，擁有完善的性格、更富情趣的人生和更高的精神境界，不僅是個人之福，也是國家之幸。”

在蔡元培看來，一個完整強健人格的養成，并不僅僅源于知識的灌輸，也在于感情的陶養。這種陶養就是美育。塑造全面完整的人，是美育的宗旨。

在北大校長任上，他曾不遺余力的把推行美育，做為北大教改的重要方面。擔任大學院長，無疑為他推行美的理念了更大的空間。

1927年蔡元培組織大學院時，即特設立“全國藝術教育委員會”。這年10月，上海成立了音樂院，蔡元培親自兼任院長，中國現代音樂史的一代宗師、現代專業音樂教育的開拓者與奠基者蕭友梅擔任教務主任。

這便是中國歷史最悠久的高等音樂學府——著名的上海音樂學院的前身。

1928年7月，音樂院改名為音樂專科學校，校中設立預科、本科，并附設師范科。蕭友梅擔任校長，但蔡元培一如既往的關心音樂學校的建設。

廖輔元回憶：“蕭先生每逢‘音專’有什么重大措施，都先向蔡先生匯報。蔡先生對蕭先生的匯報總是耐心傾聽，同意的頻頻點頭，不明白的就及時發問，聽懂了就相視而笑，表示贊賞。”他又說：“他蔡元培的態度是那么平易近人，虛懷若谷，從來沒有看見他有一點架子。”

蔡元培還親自在校園種了一棵大松樹，并在樹前攝影留念。后來“音專”人一直奉蔡元培為學校的創辦人。

另一所蔡元培一手推動創辦的重要藝術院校是“國立杭州藝術專科學校”，這便是今天著名的中國美術學院的前身。

1927年11月27日在國民政府大學院藝術委員會的第一次會議上，蔡元培提出了創辦藝術大學的提案。

他說：“我國民政府為厲行教育放煙花，尤不可不注意富有革命性之藝術教育，急謀所以振興之……此本會向中華民國大學院建議創辦國立藝術大學之最大理由也。”

蔡元培積極推動學校中的體育運動，推動國民體質的增強。1927年11月，大學院的大學委員會制定《各國立大學軍事訓練條例》，提請國民政府在各國立大學實行軍訓制度，并撥給相關經費。

條例言道：“歐戰以來，歐美日本各國大學一致厲行軍事訓練，不遺余力……我國素以和平為世界倡，國民積久相沿，以至萎靖巽懦，自衛能力薄弱。對外則招辱取侮，領土喪失，受不平等條約束縛；對內則不能抵抗非法，一任軍閥與官僚土豪之魚肉或惡化分子劫持。以此國民，而與世界列強互競，國既不國，種亦云亡。本大學有鑒于此，為求民族精神之發揚與國民革命之未完成，已經擬定軍事計劃，聘請軍事專家，于正課之余，實施訓練。”

1928年2月10日，蔡元培又召集全國各地體育界代表，在南京組織全國體育指導委員會，商討辦法，促進公共體育。5月，更明確將開展軍事教育和體育寫入《全國教育會議宣言》中，提出凡中學以上應以軍事教育為必修課，每年各校學生應進行三星期