中國公學的組織是一種民主的政體。公學的發起人多是革命黨人，故學校成立之時，一切組織多含有試行民主政治之意。全校分執行與評議兩部，執行部的職員是學生投票互選出來的，有嚴格的任期，并且對于評議部負責。評議部是由班長和室長組織而成的，要定期的開會，有監督和彈劾職員之權。選舉、嚴格的任期是民主制度區別于專制制度的重要特征，執行部對評議部負責并在評議部監督下行使行政權，則有民主制度下行政權和約束、立法機制分立的雛形。把權力置于監督之下，防止獨裁和權力的被濫用，這同樣是民主制度的題中應有之義。

評議部開會時往有激烈的辯論，有時到點名熄燈時方才散會，說明大家對執行這個制度是很認真的。

兩江總督端方每月撥銀1000兩，派四品京堂鄭孝胥為監督。學校有了官派的監督，民主的政體便發生了障礙，執行部久不改選，評議部也有度止的危險。

兩江總督端方，其實是個新派人物。戊戌變法中，朝廷下詔籌辦農工商總局，端方被任命為督辦。他全身心的投入到新籌辦的部門當中，他曾一天連上三折，其工作熱情與效率，可見一斑。

升任湖北巡撫不久，隨即辦起了六十余所新式學堂并派出大批的留學生（其子也赴美國留學）。

光緒三十年（1904年），代任兩江總督創建暨南大學。之后，他調任湖南巡撫。半年內便建有小學堂八十多所。據說，端方在調任江蘇巡撫時，上任伊始便革除了各州縣例送紅包給新任巡撫大人的陋習，并用紅包的錢選派兩名學生出國留學，一時傳為美談。

在歷任上述封疆大吏期間，端方鼓勵學子出洋留學，被譽為開明人士，“奮發有為，于內政外交尤有心得”。

中國公學簡直就是個革命黨人的培訓學校，能夠為這樣的學校每月撥銀1000兩，是很能說明問題的。可惜，這樣一個開明之人，最后還是死于革命黨人之手，不能不令人惋惜。

胡適寫到：“到了申之秋，評議部與職員發生激烈的沖突，結果致絕大多數學生整隊退學，自行組織中國新公學，仍繼實行民主政治，支持至一年余始解散。這三年多的維形民主國，在中國政治革命上是很可紀念的。＂

1952年12月23日，胡適在中國公學校友會歡迎會上講話中，又強調了中國公學當年的共和民主的政體在教育上的試驗意義，他說：“中國公學和中國教育制度以至民主的政治制度，也有很深切的關系。當時我們母校的教育制度，有著一點獨持的作風，這種作風便是民主制度在教育上的試驗，當時校內并不設校長，而三位干事共同負責處理校務，成為學校行政機關。另外由全體同學推舉班長、室長，實行自治，并且選舉評議員，組織評議會，成為學校的立法機關。一切校務雖由干事部負責執行，但必須先經評議會通過，完成立法程序。”

后來當過中國公學副校長的亮功至把這種“學生治校”的制度，和歐洲中世紀大學創始時的制度作了比較，充分肯定了它在中國教育史上的創新意義。

中國公學實行的這種高度民主自治的管理制度，自然受到廣大革命熱情高漲的同學的歡迎與擁護。但從實際出發，它在中國這塊土壤上，顯然缺乏充分持久發育的外部條件。

至少有三個方面的原因，使中國公學的“民主共和國”于解體的危機。

一、學校內留日學生逐漸減少部分又回日本復課了，而新招的學生逐漸增加，已不是當初發起創學時學生與管理彼此不分界限的情形。

二、當時上海社會和官方，對這種辦學制度的忌疑與不滿日益增大，缺少社會尤其教育界人士的理解與同情。

三、學校沒有兩江總督端方的官費資助便辦不下去，而接受了官方的資助，便無法抗拒官方在管理制度上插手學校