到貝諾德、顧臨和司徒雷登等美方董事對修改章程的擔憂。

在此期間，孟祿和蔡元培等人曾通過函電往來討論此事。孟祿認為，中基會的組織管理應該相對獨立于政府，不受政局變動的影響；如果擅自進行改組，不僅無法保證董事會的連續性，還會引起不必要的外交沖突。蔡元培則強調：“因為中華基金會的中方成員是曹錕委派的，所以政府對此會的改組是必要的?！?

10月4日，《時事新報》發表《大學院改組教育文化基金董事會說明》，內稱自國民政府明令改組中基會以后，大學院多次接到外交部來函來電，通報美國方面的反映。這些反映可以歸納為三點：一是改組董事會以及修改章程沒有得到美國政府同意，違背了原來的約定；二是董事會是非政治機構，不應該受政局變化的影響；三是原章程規定董事應該自選，如今由政府委派，違背了自選原則。

對于這些意見，大學院的解釋是：第一，美國退還庚款，本來是無條件的，因此這次修改章程和改組董事會不需要征求美國政府同意。第二，董事會成立時，曹錕政府曾拒絕學術教育團體推舉的人選，這說明此事一開始就無法脫離政治。第三，由賄選總統任命的這個董事會，是不可能通過自選方式來完成其更新換代的；只有對它進行改組，才能走上非政治的道路。而在此之前，蔡元培為了辭職已經攜帶家眷離開南京，由楊杏佛代行其事。這好像證明了胡適的先見之明。

盡管大學院的解釋振振有詞，但是早在9月13日，胡適就收到楊杏佛以大學院名義發來的一份公函，內有“現準孟祿來電，請從緩改組中華教育文化基金董事”等語，并請胡適、蔣夢麟“將這次改組理由及補救辦法”，向孟祿詳細解釋，以免引起誤會。可見楊杏佛等人雖然表面上嘴硬，實際上已經在尋求妥協和退路了。

問題是中基會的改組不僅引起了誤會，還涉及到兩個重要的問題。

第一是外交和法律的問題。

按照規定程序，美國退還的第二批庚子賠款，是在中基會成立之后，由美國總統簽署命令撥付的。現在中國政府對它進行改組，等于說原來的受款機構已經不復存在，即美國政府已經失去付款對象，不能繼續付款了。美國是一個法制健全的國家，要想改變這種令人尷尬的狀況非常困難。可見南京政府改組中基會之舉，過于草率。

第二是觀念和影響的問題。

按照楊杏佛等人的想法，既然國民革命已經成功，國民政府已經成立，那就應該對中基會進行改組，因為它畢竟是由賄選總統曹錕任命的。但是他們沒有想到，越是一個好的政府，就越應該尊重學術文化教育的獨立。這是現代社會的一個最基本的原則。何況政府的“好”“壞”是相對而言、不以個別人意志為轉移的客觀存在。因此，假如一個“好”的政府不能保護學術文化教育的獨立，那就很可能為“壞”的政府破壞這種獨立留下借口，甚至是開了先河。對于這個問題，孟祿教授有一句非常精辟的話。他說：“如果一個出于最善良動機的好政府可以干涉董事會的運作，那么一個帶有自私動機的壞政府也可以做同樣的事情?！?

1928年10月，南京國民政府因改制而取消大學院，并在行政院之下設立教育部。11月下旬，胡適收到新任教育部長蔣夢麟來信，討論中基會改組的事應該如何補救。蔣根據孟祿、任鴻雋的意見，提出由教育部召集原來的董事開會，讓政府不喜歡的5人辭職，再補選5名新的董事。至于修改章程的問題，可以由新董事會討論解決。蔣還說，等到孟祿抵達上海后，就可以開會。

12月3日，蔣夢麟電邀胡適抵達南京，并于當晚宴請胡適、蔡元培、任鴻雋、王寵惠、羅家倫、孫科等人。胡適曾對孫科說，事已至此，最好由新董事致函原董事會，情愿放棄董事資格，請原董事自由選舉